“南山新雨后,海侧青崖舟。燎烟结古寺,石塔鸣钟楼。浪回金沙岸,潮起馥雪鸥。月阑日光屿,总是琉璃洲。”据传,这是明代文学家沈環在江苏通州南山寺游历时的散作。虽是寥寥数语,却留下了400多年前南山寺的大致轮廓。始建于明代的通州南山寺,滨江临海,位于古来盛产海盐水产、丰饶
富庶的通州主城区金沙,至今已有600多年的历史。南山寺所处金沙本名古沙,南唐徐复治海陵盐政时,见亭户以卤煎盐,感喟而叹日:“此金也。因海盐是当时财赋的主要源泉,北宋初年即有金沙亭之设,后改为金沙场。南山本为沙洲石垒高丘,初无寺庙。至宋元兵连祸结,有佚名僧人至此避乱,始建一小庙,人称僧公庙(或谐为孙公庙、申公庙)。因金沙地处荒僻,竞无人识得庙内所供奉的法像,问于僧公,只称药师。于是,此地居民或有疑症,都到僧公庙祝祷求医,屡得感应,满其所愿,声名遂远。另据地方志籍所载,有一年,明孝昭太后突发急症,沉疴数月而不见好转。一天,夜梦神灵现身,光焰炽盛,传语太后:“金泽东方,沙隐琉璃,附日而出,藉药为尊。”明宜宗闻言,召集百官阶前议事,众议纷纷,都认为与太后的病有关,综合起来就是治太后的病要去东方海边的某个产盐的地方。宜宗就派专使按照群臣商议的结果,向东寻找。最后找到通州金沙盐场,南山附近供奉药师佛的僧公庙,与神灵传托梦颇为吻合。得知消息的太后因病不能亲临,遂命宫女载以凤冠,代其前往。地方州府在僭公庙旁边兴建寓所,焚香斋戒,祝祷礼拜。不出半月,太后凤体好转。宣宗龙颜大喜,为感佛恩,即命內务府督造药师佛像供孝昭太后礼敬,又命州府重建僧公庙,更名为南山寺,下旨敕封为“药师佛道场”。今存有木梁,上刻“敕造药师佛道场”。一时声普隆望,虽处远僻,但能来者,无论权臣走俗,都纷纷求佛礼事。南山寺遂承东方药师之净土,法化群萌,乐以济生。民国二十三年(1934年),有莲宗十三祖印光法师披照金沙,南山寺更得法益开弘。后华夏蒙难,南山寺在兵荒之中毁之殆尽,寺众流离,仅存二殿,后作道观,即是南山五帝观,现为通州区文物保护单位。
前尘隔海,古迹飘零。如今的南山寺,是在地方政府地大力支持下,集社会各界地鼎力相助,于2006年易地扩建后的新寺。新建成的南山寺按丛林式寺院设计,主体建筑沿中、东、西轴线布局,中轴线上依次为影照壁、天王殿、大雄宝殿、放生池,东轴线上依饮为钟楼、财神殿
通州塔、观音殿、药师殿,西轴线上依次为帝释殿、地藏殿、翠微楼等建筑。寺院建筑基本保持着明代风格。主殿巍峨,配殿环绕,庑殿歇山式屋顶、明丽的琉璃瓦脊、古朴的彩画装饰,显示出寺院的庄严宏伟。殿身宽厚、台基廓大,主次分明,升降有致。各殿大木结构,斗拱形制,构造精巧,复杂多变,五踩单翅,出檐深远,屋顶吻兽小跑,山花部分采用砖封砌法,整个建筑群既典雅庄重又庄严浑厚,给人以强烈的节奏感和鲜明的流动美。
南山寺以药师佛为尊,以琉璃净士为宗,力倡东方药师佛琉璃净土法门,朝唱行持,暮思恒守。秉持“人间佛教”的理念,依止《药师琉璃光如来本愿功德经》中“一闻其名号,众病悉除,身心安乐,资生具足,乃至菩提”的宏愿,多次举行药师法会,明经之义谛,循世之和谐,大力弘扬现生利益,兼容并收各家之优长,气象日昌,山门大有中兴之势。其影响广及长三角乃至海外四众弟子,咸皆景仰。中国佛教协会会长传印法师欣然题词“药师佛道场,咫尺东天,东方琉璃世界”,并要求南山寺重点打造药师佛道场,坚持人间佛教思想,弘扬药师佛文化,利益群生。