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2003年初，学校被评为福州市首批A级民办中学。
2005年学校被福州市教育局授予“福州市素质教育先进学校”荣誉称号；被福建省民办教育协会、福建省中小学幼儿教师奖励基金会授予“福建省民办教育先进单位”荣誉称号；荣获“福州市民办教育‘A级’学校”荣誉称号。
自2001年恢复办学以来短短几年，学校发展迅速，办学规模逐年扩大，至2006－2007学年时全校已有23个教学班，近1300名在校生和90多名教职工；学校教育教学设施（如计算机房，多媒体教室，理、化、生实验室，体育、音乐、美术等）配备齐全。几年来，由于学校坚持福州一中严格而高效的教育教学管理模式，并结合“民办”自身具有的灵活机制等先天优势，逐步完善学校教育教学管理制度和不断更新教育理念，坚持以德育工作为核心，以教育科研为先导，以课堂教育教学为载体，以现代化信息技术为手段，以深化教育教学改革，以全面推进素质教育发展为办学特色，办学质量令人瞩目，得到了社会的充分肯定，成为福州市最优秀的民办中学之一。
几年来，学校还培养、组识学生积极参加国际、国家、省、市级各项重要学科竞赛活动,如在香港、澳门、菲律宾、台湾等地举办的世界级数学邀请赛、全国性的信息学、数学、化学、物理、创新大赛等，共有近350多人次获奖。
学校十分重视教师队建设，目前已拥有一支力量雄厚且非常优秀的师资队伍（全校90余名教职工中，有特级教师4名，本科及本科以上学历占总数的90%以上），教师中曾有多人、多次（含指导学生）在国际、国家、省、市级比赛中获奖。
学校坚持德智体美劳全面发展。在完成国家规定的课程以外，还设置了校本课程。推出体现三牧中学办学思想和特色的、符合该校学生特点的校本课程。初一、初二每周一节的外教口语课；初一每周一节的硬笔书法课和舞蹈课与武术课（以半班人员为学生，每半个学期交换学习课程）；初一每两周一节的心理健康课；印制了两本《必备古诗词》（三牧中学与一中初中部独有），并正在建设包括人文素养类、艺术修养类、技能类、知识拓展与创新思维类等类别的校本课程体系。
